Lynis umożliwia wykonywanie testów dotyczących różnych dostępnych metod uwierzytelniania, sprawdzanie kont użytkowników bez haseł, aktualności zainstalowanego oprogramowania oraz certyfikatów SSL, niepoprawnych ustawień uprawnień do plików, a także audyt ustawień zapory ogniowej.
Narzędzie nie wymaga instalowania w systemie, może być uruchamiane np. z urządzeń typu pendrive. Lynis nie umożliwia automatycznej rekonfiguracji systemu w celu naprawienia potencjalnych błędów, jest wyłącznie narzędziem raportującym. Wspiera między innymi takie systemy, jak: Debian, Fedora Core 4, FreeBSD, Gentoo, CentOS, Mandriva 2007, OpenBSD 4.x, OpenSolaris, OpenSuSE, Red Hat, RHEL 5.x, Slackware 12.1, Solaris 10, Ubuntu.