Tanie i szybkie sekwencjonowanie DNA

Nowe podejście do sekwencjonowania DNA, opracowane przez naukowców z University of Washington stanowi znaczący krok na drodze do taniego i szybkiego analizowania kodu genetycznego.

Zespół pod kierownictwem prof. Jens Gundlacha połączył nanotechnologią z biologią, stosując nanopor z bakterii Mycobacterium smegmatins , prątka spokrewnionego z bakterią gruźlicy. Nanopor ten ma średnicę wystarczającą akurat do pomiaru przechodzącej przez niego jednej nici DNA. Naukowcy umieścili go w membranie umieszczonej w roztworze soli i przepuszczali przez niego niewielki prąd, który zmieniał się w zależności od tego, jaki nukleotyd DNA akurat przez nią przechodził.

Stworzenie otworu o rozmiarze wystarczającym do przepuszczania przez niego pojedynczej nici DNA nie było jedynym problemem, z jakim musieli uporać się naukowcy było to, że nić DNA przewijała się przez nanopor ze zbyt dużą prędkością. Aby spowolnić przechodzenie nici DNA naukowcy przyczepiali do każdego nukleotydu, który chcieli zbadać kawałek podwójnej nici DNA, która na chwilę zatrzymywała przesuw badanej nici przez nanopor, pozwalając na odczytanie sygnałów ekeltrycznych. Jak powiedział prof. Gundlach

Możemy praktycznie odczytywać sekwencję DNA z oscyloskopu.

Badanie stanowi część programu do stworzenia technologii zdolnej do sekwencjonowania genomu człowieka za koszt poniżej 1000 dolarów. Program ten został stworzony sześć lat temu, kiedy sekwencjonowanie genomu rozmiaru ludzkiego kosztowało około 10 milionów dolarów. Prof. Gundlach ma nadzieję, że ta nowa, dość prosta i zarazem innowacyjna technologia będzie mogła zostać przekształcona w zautomatyzowany proces.

Wygląda na to, że era taniego sekwencjonowania DNA wkrótce nadejdzie. Patrząc na to, że ceny sekwencjonowania ludzkiego genomu w ciągu ostatnich paru lat spadły do kilkudziesięciu tysięcy dolarów można nawet stwierdzić, że już nadeszła, ale do powszechnego zastosowania medycznego jest to nadal za dużo, podczas gdy możliwość ustalenia czyjegoś genomu kilka tysięcy czy niecały tysiąc może spowodować, że sekwencjonowanie ludzkiego DNA będzie można wykorzystać w praktyce.

[via Science Daily ]

Leszek Karlik

Więcej o: