W uchwale pod nazwą „Budowa drogi wodnej łączącej Zalew Wiślany z Zatoką Gdańską” z 2016 roku koszt inwestycji został oszacowany na 880 mln zł. Jak czytamy w wykazie prac legislacyjnych, projektowana regulacja zakładająca zwiększenie kosztów inwestycji do mld 984 mln 51 tys. 500 zł (zwiększenie o 1 mld 107 mln 465 tys. 980 zł) mld zł jest niezbędna do przeprowadzenia sprawnej realizacji programu,
"Główną przyczyną zmiany uchwały jest wzrost kosztów inwestycji spowodowany zmianą cen materiałów i robót budowlanych na rynku budowlanym (zgodnie z szacunkami GUS o około 26 proc w stosunku do roku 2015) oraz zmiana zakresu rzeczowego inwestycji, wynikająca m.in. z przyjętych rozwiązań projektowych, które nie były dostępne na etapie opracowywania i przyjęcia uchwały" - czytamy w uzasadnieniu.
Do nowych inwestycji zaliczana jest likwidacja mostu pontonowego na rzecze Elbląg w miejscowości Nowakowo, w którego miejscu powstanie nowy most. Zgodnie z aktualizowanymi planami zbudowany zostanie most zwodzony obrotowy na Mierzei Wiślanej zamiast mostu podnoszonego, na skutek prac pogłębieniowych powstanie także sztuczna wyspa.
Cześć nowych inwestycji powstanie na skutek działań powiązań z rzeką Elbląg. Chodzi m.in. o obudowanie jej dłuższymi, niż zakładano ścianek szczelnych i mikropali na skutek słabej nośności gruntów. "Dodatkowo przewiduje się przebudowę dłuższego, niż przewidywano pierwotnie odcinka rzeki (o około 2,5 km). Analizy środowiskowe wykazały również konieczność koagulacji górnej warstwy osadów w rzece Elbląg przed jej pogłębieniem z uwagi na bardzo duże stężenia azotanów i fosforanów w tej warstwie osadów rzeki" - czytamy także.